生物安全柜的選擇需要根據(jù)所涉及微生物試驗(yàn)品或產(chǎn)品的致命性，傳播媒介等因素，這些因素可劃分為一至四級(jí)生物安全水平（BSL）：
生物安全水平 致命性 媒介 可治愈性 范例
BSL-1 無(wú)或極低 液體 可以 BS*
BSL-2 一般 液體 可以 HIV
BSL-3 高 空氣 可以 TBC
BSL-4 * 空氣 不可 Ebola
* Bacillus subtilis （草芽孢桿菌）
被分類為生物安全水平一級(jí)和二級(jí)的微生物試驗(yàn)品或產(chǎn)品不會(huì)產(chǎn)生氣溶膠，因此在開放的實(shí)驗(yàn)臺(tái)面上開展工作；而對(duì)于一些可能涉及或者產(chǎn)生有害生物物質(zhì)的操作過(guò)程都應(yīng)該在生物安全柜內(nèi)進(jìn)行，在這些條件下使用二級(jí)的生物安全柜。二級(jí)的試驗(yàn)品或產(chǎn)品是可以通過(guò)液體傳播，所以操作人員必須對(duì)于污染的銳器要特別注意。客戶在選購(gòu)安全柜時(shí)，也因注意確保沒(méi)有突出的銳角，在使用時(shí)也需要每天清理工作臺(tái)面。
在三級(jí)的生物實(shí)驗(yàn)室中，所有與傳染源操作有關(guān)的步驟，都在二級(jí)或者三級(jí)生物安全柜中進(jìn)行，并由穿戴合適防護(hù)服的實(shí)驗(yàn)人員進(jìn)行；對(duì)于四級(jí)，所有工作應(yīng)限制在三級(jí)生物安全柜中；假若在二級(jí)生物安全柜中進(jìn)行，必須使用裝備生命支持系統(tǒng)的一體正壓防護(hù)服。值得特別注意的是，當(dāng)出現(xiàn)新型不明微生物時(shí)，也必須在四級(jí)生物安全防護(hù)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行。待有充分?jǐn)?shù)據(jù)后再?zèng)Q定此種微生物或毒素應(yīng)在四級(jí)還是在較低級(jí)別的實(shí)驗(yàn)室中處理。
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